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総合分析実験センター設置 平成16年  4月 国立大学法人佐賀大学設置 平成17年  4月 海洋エネルギー研究センターが全国共同利用施設となる 有明海総合研究プロジェクト設置 ＴＬＯ（技術移転機構）設置 医学科1講座（外科学）を廃止し、5講座（一般・消化器外科学、胸部・心臓血管外科学、整形外科学、脳神経外科学、泌尿器科学）を設置（計2学科24講座） 平成17年  9月 救命救急センター設置 平成18年  2月 総合情報基盤センター設置（学術情報処理センター廃止） 平成18年  4月 農学部全学科（生物生産学科、応用生物科学科）を改組し、3学科（応用生物科学科、生物環境科学科、生命機能科学科）設置 地域学歴史文化研究センター設置 平成18年  8月 科学技術共同開発センター・ＴＬＯ・知的財産管理室を統合し、産学官連携推進機構設置 平成19年  3月 情報統括室設置 平成19年  4月 文化教育学部附属養護学校を文化教育学部附属特別支援学校に名称変更 医学部附属先端医学研究推進支援センター設置 感染制御部設置 平成19年10月 アドミッションセンター設置キャリアセンター設置 平成20年  4月 医学系研究科博士課程3専攻（機能形態系、生体制御系及び生態系）を改組し、1専攻（医科学専攻）設置 平成21年  3月 ベンチャー・ビジネス・ラボラトリーを廃止し、その機能を産学官連携推進機構が継承 平成21年  4月 教員免許更新講習室設置 平成21年11月 がんセンター設置 平成22年  4月 工学系研究科博士前期課程3専攻（機能物質化学専攻、循環物質工学専攻、生体機能システム制御工学専攻）を改組し、2専攻（循環物質化学専攻、先端融合工学専攻）設置 工学系研究科博士後期課程3専攻（エネルギー物質科学専攻、システム生産科学専攻、生体機能システム制御工学専攻）を改組し、1専攻（システム創成科学専攻）設置 農学研究科修士課程2専攻（生物生産学専攻、応用生物科学専攻）を改組し、1専攻（生物資源科学専攻）設置 海洋エネルギー研究センターが共同利用・共同研究拠点となる 低平地研究センター及び有明海総合研究プロジェクトを再編し、低平地沿岸海域研究センター設置 Ａｉセンター設置 平成23年  4月 全学教育機構設置 動作解析・移動支援開発センター設置 平成23年10月 国際交流推進センター設置 医学科1講座（国際医療学）開設（計2学科25講座） 平成23年  4月 肝疾患センター設置 平成24年  4月 産学官連携推進機構及び地域貢献推進室を再編し、産学・地域連携機構設置 高等教育開発センター廃止 留学生センター廃止 佐賀市立富士大和温泉病院に医学部附属病院地域総合診療センター附置 平成24年10月 海浜台地生物環境研究センター及び農学部附属資源環境フィールド科学教育研究センターを再編し、農学部附属アグリ創生教育研究センター設置 平成25年  4月 経済学部2課程（経済システム課程、経営・法律課程）を改組し、3学科（経済学科、経営学科、経済法学科）設置 平成25年  6月 美術館設置 平成26年  4月 教養教育運営機構廃止 医学部看護学教育研究支援センター設置 医学部附属病院造血幹細胞分離保存センター設置 平成27年  4月 医学部附属看護学教育研究支援センター設置 医学部看護学教育研究支援センター廃止 平成28年  4月 文化教育学部改組により教育学部、芸術地域デザイン学部設置 教育学研究科、経済学研究科を廃止し、学校教育学研究科、地域デザイン研究科設置 平成28年  7月 全学教育機構クリエイティブ・ラーニングセンターが教育関係共同利用拠点となる（平成31年3月まで） 平成29年  4月 肥前セラミック研究センター設置 情報統括室廃止 平成29年10月 産学・地域連携機構を改組し、リージョナル・イノベーションセンター設置 平成30年  4月 低平地沿岸海域研究センター廃止 教育研究院の下に、３学域（人文・社会科学域、医学域、自然科学域）、７学系（教育学系、芸術学系、経済学系、医学系、医療系、理工学系、農学系）を設置 平成31年  4月 理工学部7学科（数理科学科、物理科学科、知能情報システム学科、機能物質化学科、機械システム工学科、電気電子工学科、都市工学科）を改組し、1学科（理工学科）設置 農学部3学科（応用生物科学科、生物環境科学科、生命機能科学科）を改組し、1学科（生物資源科学科）設置 医学系研究科（修士課程）、工学系研究科（博士前期課程）を廃止し、先進健康科学研究科（修士課程）、理工学研究科（修士課程）設置 医学部附属再生医学研究センター設置 令和  2年  4月 地域創生推進センター・地域創生推進本部廃止 令和  3年  4月 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